技术标签: 混合线性模型
很多朋友写信问我, 像要知道固定因子的显著性和随机因子的显著性如何计算,他们使用的是lme4
这个R包, 但是这个包使用anova时没有P值,还要手动计算, 随机因子也需要自己计算loglikehood值, 然后使用LRT的卡方检验进行显著性检验, 其实lme4包有扩展的包可以非常友好的做这件事情.
###载入软件包和数据
library(lme4)
library(lmerTest)
library(sjstats)
library(learnasreml)
data(fm)
lme4
install.packages("lme4")
lmerTest
lmerTest::anova.lmerModLmerTest
用于检测固定因子的显著性, 方差分析表采用III平方和的形式.lmerTest::ranova
用于检测随机因子的显著性, 使用的是LRT检验, 给出的是卡方结果.install.packages("lmerTest")
sjstats
install.packages("lmerTest")
模型介绍
建模
### 固定因子: Spacing+Rep, 随机因子: Fam
fm1 <- lmer(h1 ~Spacing + Rep + (1|Fam), fm)
固定因子检验
anova(fm1) # 固定因子显著性检验
Sum Sq | Mean Sq | NumDF | DenDF | F value | Pr(>F) | |
---|---|---|---|---|---|---|
Spacing | 1775.888 | 1775.888 | 1 | 786.2359 | 34.98368 | 4.957481e-09 |
Rep | 5339.632 | 1334.908 | 4 | 781.5386 | 26.29670 | 1.762292e-20 |
可以看到Spacing 和Rep都达到极显著
随机因子显著性检验
ranova(fm1) # 随机因子显著性检验,LRT
npar | logLik | AIC | LRT | Df | Pr(>Chisq) | |
---|---|---|---|---|---|---|
<none> | 8 | -2831.504 | 5679.008 | NA | NA | NA |
(1 | Fam) | 7 | -2876.161 | 5766.323 | 89.31466 | 1 | 3.367543e-21 |
可以看到Fam达到极显著
计算R2
r2(fm1) # 计算R2
R-Squared for Generalized Linear Mixed Model
[34mFamily : gaussian (identity)
Formula: h1 ~ Spacing + Rep + (1 | Fam)
[39m Marginal R2: 0.116
Conditional R2: 0.277
计算固定因子每个水平的P值
p_value(fm1) # 计算每个水平的显著性
term | p.value | std.error |
---|---|---|
(Intercept) | 1.535094e-127 | 0.7915991 |
Spacing3 | 4.957481e-09 | 0.5463546 |
Rep2 | 2.886600e-01 | 0.8082299 |
Rep3 | 7.443430e-08 | 0.8218056 |
Rep4 | 1.720753e-10 | 0.7995633 |
Rep5 | 4.635631e-01 | 0.7663026 |
提取方差组分
re_var(fm1) # 计算方差组分
建模
library(asreml)
fm2 = asreml(h1 ~ Spacing + Rep, random = ~ Fam, data=fm,trace=F)
固定因子检验
anova(fm2) # 固定因子显著性检验, 这里anova 是anova.asreml
Df | Sum of Sq | Wald statistic | Pr(Chisq) | |
---|---|---|---|---|
(Intercept) | 1 | 253059.46646 | 4985.08358 | 0.000000e+00 |
Spacing | 1 | 1164.71720 | 22.94406 | 1.667844e-06 |
Rep | 4 | 5339.63197 | 105.18678 | 0.000000e+00 |
residual (MS) | NA | 50.76333 | NA | NA |
随机因子显著性检验
这里首先构建一个空模型, 然后使用LRT检验
fm_Null = asreml(h1 ~ Spacing + Rep, data=fm,trace=F)
lrt.asreml(fm2,fm_Null) # 随机因子显著性检验LRT
Df | LR statistic | Pr(Chisq) | |
---|---|---|---|
fm2/fm_Null | 1 | 89.31466 | 0 |
summary(fm2)$varcomp[,1:2] # 方差组分
gamma | component | |
---|---|---|
Fam!Fam.var | 0.2229334 | 11.31684 |
R!variance | 1.0000000 | 50.76333 |
还有一个包叫MuMIn
,也可以计算R2
library(MuMIn)
r.squaredLR(fm1)#计算R2
0.217233511687581
# 混合线性模型, 如何检测固定因子和随机因子
###载入数据
library(lme4)
library(lmerTest)
library(sjstats)
library(learnasreml)
data(fm)
str(fm)
### 固定因子: Spacing+Rep, 随机因子: Fam
fm1 <- lmer(h1 ~Spacing + Rep + (1|Fam), fm)
summary(fm1)
anova(fm1) # 固定因子显著性检验
ranova(fm1) # 随机因子显著性检验,LRT
r2(fm1) # 计算R2
p_value(fm1) # 计算每个水平的显著性
re_var(fm1) # 计算方差组分
### 对比asreml
fm2 = asreml(h1 ~ Spacing + Rep, random = ~ Fam, data=fm)
anova(fm2) # 固定因子显著性检验, 这里anova 是anova.asreml
fm_Null = asreml(h1 ~ Spacing + Rep, data=fm)
lrt.asreml(fm2,fm_Null) # 随机因子显著性检验LRT
summary(fm2)$varcomp[,1:2] # 方差组分
library(MuMIn)
r.squaredLR(fm1)#计算R2
文章浏览阅读101次。4.class可以有⽆参的构造函数,struct不可以,必须是有参的构造函数,⽽且在有参的构造函数必须初始。2.Struct适⽤于作为经常使⽤的⼀些数据组合成的新类型,表示诸如点、矩形等主要⽤来存储数据的轻量。1.Class⽐较适合⼤的和复杂的数据,表现抽象和多级别的对象层次时。2.class允许继承、被继承,struct不允许,只能继承接⼝。3.Struct有性能优势,Class有⾯向对象的扩展优势。3.class可以初始化变量,struct不可以。1.class是引⽤类型,struct是值类型。
文章浏览阅读586次。想实现的功能是点击顶部按钮之后按关键字进行搜索,已经可以从服务器收到反馈的json信息,但从json信息的解析开始就会闪退,加载listview也不知道行不行public abstract class loadlistview{public ListView plv;public String js;public int listlength;public int listvisit;public..._rton转json为什么会闪退
文章浏览阅读219次。如何使用wordnet词典,得到英文句子的同义句_get_synonyms wordnet
文章浏览阅读521次。系统项目报表导出 导出任务队列表 + 定时扫描 + 多线程_积木报表 多线程
文章浏览阅读1.1k次,点赞9次,收藏9次。使用AJAX技术的好处之一是它能够提供更好的用户体验,因为它允许在不重新加载整个页面的情况下更新网页的某一部分。另外,AJAX还使得开发人员能够创建更复杂、更动态的Web应用程序,因为它们可以在后台与服务器进行通信,而不需要打断用户的浏览体验。在Web开发中,AJAX(Asynchronous JavaScript and XML)是一种常用的技术,用于在不重新加载整个页面的情况下,从服务器获取数据并更新网页的某一部分。使用AJAX,你可以创建异步请求,从而提供更快的响应和更好的用户体验。_ajax 获取http数据
文章浏览阅读2.8k次。登录退出、修改密码、关机重启_字符终端
文章浏览阅读3.8k次,点赞3次,收藏51次。前段时间看到一位发烧友制作的超声波雷达扫描神器,用到了Arduino和Processing,可惜啊,我不会Processing更看不懂人家的程序,咋办呢?嘿嘿,所以我就换了个思路解决,因为我会一点Python啊,那就动手吧!在做这个案例之前先要搞明白一个问题:怎么将Arduino通过超声波检测到的距离反馈到Python端?这个嘛,我首先想到了串行通信接口。没错!就是串口。只要Arduino将数据发送给COM口,然后Python能从COM口读取到这个数据就可以啦!我先写了一个测试程序试了一下,OK!搞定_超声波扫描建模 python库
文章浏览阅读4.2k次。端—端加密指信息由发送端自动加密,并且由TCP/IP进行数据包封装,然后作为不可阅读和不可识别的数据穿过互联网,当这些信息到达目的地,将被自动重组、解密,而成为可读的数据。不可逆加密算法的特征是加密过程中不需要使用密钥,输入明文后由系统直接经过加密算法处理成密文,这种加密后的数据是无法被解密的,只有重新输入明文,并再次经过同样不可逆的加密算法处理,得到相同的加密密文并被系统重新识别后,才能真正解密。2.使用时,加密者查找明文字母表中需要加密的消息中的每一个字母所在位置,并且写下密文字母表中对应的字母。_凯撒加密
文章浏览阅读5.7k次。CIP报文解析常用到的几个字段:普通类型服务类型:[0x00], CIP对象:[0x02 Message Router], ioi segments:[XX]PCCC(带cmd和func)服务类型:[0x00], CIP对象:[0x02 Message Router], cmd:[0x101], fnc:[0x101]..._cip协议embedded_service_error
文章浏览阅读2.4k次,点赞9次,收藏13次。有时候我们在MFC项目开发过程中,需要用到一些微软已经提供的功能,如VC++使用EXCEL功能,这时候我们就能直接通过VS2019到如EXCEL.EXE方式,生成对应的OLE头文件,然后直接使用功能,那么,我们上篇文章中介绍了vs2017及以前的版本如何来添加。但由于微软某些方面考虑,这种方式已被放弃。从上图中可以看出,这一功能,在从vs2017版本15.9开始,后续版本已经删除了此功能。那么我们如果仍需要此功能,我们如何在新版本中添加呢。_vs添加mfc库
文章浏览阅读785次。用ac3编码,执行编码函数时报错入如下:[ac3 @ 0x7fed7800f200] frame_size (1536) was not respected for anon-last frame (avcodec_encode_audio2)用ac3编码时每次送入编码器的音频采样数应该是1536个采样,不然就会报上述错误。这个数字并非刻意固定,而是跟ac3内部的编码算法原理相关。全网找不到,国内音视频之路还有很长的路,音视频人一起加油吧~......_frame_size (1024) was not respected for a non-last frame
文章浏览阅读230次,点赞2次,收藏2次。创建Android应用程序一个项目里面可以有很多模块,而每一个模块就对应了一个应用程序。项目结构介绍_在安卓移动应用开发中要在活动类文件中声迷你一个复选框变量